Posteriormente, a propuesta del Duque de Lerma, ejerce como profesor de Teología en la Universidad de Alcalá, primero de la cátedra de vísperas (1644-1660) después de prima (1660-1663) y es posible que anteriormente ocupara una cátedra en la Facultad de Artes.
Fue nombrado provincial de España en 1663, hasta que fue relegado a la Peña de Francia por haber rechazado imponer a sus religiosos la orden de Felipe IV que ordenaba el saludo a la Inmaculada Concepción al comienzo de los sermones.
Theologiae moralis quaestiones praecipuae constituye una parte sustancial del elenco de comentarios filosóficos y teológicos de buena factura que el autor nos ha legado. Doctrinalmente, Martínez de Prado se mueve dentro del tomismo más ortodoxo. Pudiendo singularizar dentro de su pensamiento su parecer respecto al objeto de la metafísica.